在国家食药监总局宣布暂停药品电子监管码后，阿里健康也发布了公告表示，已经启动向国家食药监总局移交药品电子监管网系统的事宜。
对阿里健康来说，失去对药品电子监管网系统的运维权，业绩无疑会承受压力。2014年初，阿里巴巴集团在以13亿元收购中信21世纪，随后更名阿里健康，并由此获得了国内首张“互联网第三方平台网上零售试点资格证书”。中信21世纪不仅拥有首张证书，早在2005年就被选中与原国家食品药品监督管理局配合，建设中国药品电子监管平台，阿里健康也顺势获得了该系统的运维权。
在取得运维权后，阿里健康通过旗下数来宝平台向医药企业出售基于药监网系统的数据分析，被指这种兜售商业数据，制定行业规则的行为有违公平。
阿里健康接受界面新闻记者采访中对涉嫌兜售数据表示否认。
不过，不可否认的是，如果国家食药监总局长时间暂停执行电子监管码或是未来公布其他新政策，其可能对阿里健康的收入、业务及运营业绩产生重大不利影响。2015年7月阿里健康发布的全年业绩显示收入达3720万港元，增幅35.3%，其中主营的电子监管网业务收入为3718万港元，同比增长49.2%。盈利能力提升主要就是由于运营中国药品电子监管网的收入增加。阿里健康也在今年2月21日的公告中明确表示，运维药品电子监管网是其主营业务之一，并且是其2015财年和2016财年几乎全部的营收。
而对药品零售行业来说，最核心的问题并不是药品电子监管网由谁运营，而是药品电子监管码的存废之争。
状告国家食药监总局的湖南养天和大药房企业集团有限公司反对药品电子监管码，因为药品电子监管码属于重复建设，将大幅增加社会成本，增加患者负担。而三家上市公司老百姓(49.490, -0.39, -0.78%)大药房连锁股份有限公司、鸿翔一心堂(43.89, -0.39, -0.88%)药业（集团）股份有限公司和益丰大药房连锁股份有限公司发布联合声明反对现行药品电子监管码，也是认为“这一个不合法、不合理、不公平，完全属于重复建设的不良政策”，而且对于规模越大的企业来说负担越重。
但是，也有意见认为没有电子药品监管网不利于保障我国药品安全。阿里健康2月23日发布了一条长微博表示，严重的药品安全问题促使电子监管网雏形在2006年诞生。2006年以前连续爆发了多起制售假药事件，在药品电子监管网建成后，则能通过药监网数据迅速排查问题药品流向，遏制假药流向。
除了监控假药，有业内人士告诉界面新闻记者，电子监管码还能防止医保基金被违规用在非医保报销商品上。“为了维持经营，有些药店明里暗里会出售保健品与生活用品，并可以*医保卡购买。国家医保基金只能用在规定的药品上，实施药品电子监管码系统，并和医保系统对应后，就能清楚监控到医保基金是否用在规定的地方，这样也就堵死了非法套取医保的路。但对药店来说，就失去了一个重要的收入来源，经营难以为继。”该人士表示。
而就算不是买非医保药品，在业内也存在各种药贩子。患者通过医保卡购买大量药品再出售给这些药贩子套取医保基金后，大量药品又通过各种方法进入其他销售渠道。2015年，食药监总局组织的飞行检查中，就通过电子监管发现了大量回流药品。
目前，国家食药监总局暂停执行了食品药品监管总局《关于药品生产经营企业全面实施药品电子监管有关事宜的公告》（2015年第1号）中药品电子监管的有关规定，正在对《药品经营质量管理规范》有关药品电子监管内容修订公开征求意见。阿里健康已经出局，但还有第三方涉及大数据研究、数据库建设的机构正在争取接手药品电子监管码的运营维护。药品电子监管码何去何从，是否有更好的替代系统才是这场风波最核心的问题。
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